A pesar de no ser autor de la idea del museo, Hitler fue un entusiasta del proyecto museo. Hitler culpó a los Judíos de la derrota de Alemania en la Primera Guerra Mundial, y el 30 de enero de 1939, pronostico que en caso de otra guerra mundial, aniquilaría a los judíos europeos. En 1942, los alemanes pensaban salir victoriosos de la Segunda Guerra Mundial, dejando de una vez por todas a los judíos en el pasado de Europa. Entonces decidieron llamar al proyecto Museo Judío en Praga “Museo Exótico de una Raza Extinta”.

Durante toda la Segunda Guerra Mundial artefactos judíos de toda Europa fueron llevados a Praga y se fueron almacenando en este museo. Todos los objetos y artefactos que se salvaron de los nazis acabaron en este museo, aunque nunca llego a ser un Museo de una Raza Extinta.

Después de la derrota de los fascistas en la Segunda Guerra Mundial, Checoslovaquia se convirtió en un país comunista en 1948. Bajo el comunismo, todos los bienes pasaron a ser propiedad del estado, por lo que en 1950 los Judíos se vieron obligados a transferir la propiedad del Museo Judío al estado, el cual impuso además una serie de restricciones. Tras la caída del régimen comunista en 1989, el Museo y sus exposiciones fueron devueltos a los Judíos el 1 de octubre de 1994. En este momento, el Museo Judío en Praga fue fundado por una organización no estatal.

En 1996, el Centro de Educación y Cultura se estableció como parte del complejo del Museo. Está ubicado en la esquina de la calle y Maiselova Siroka Street en el corazón de Josefov. Este lugar da una exposición detallada de la historia de los judíos, en particular la historia de los judíos en Bohemia y Moravia. El Centro es una institución de formación de profesores reconocidos por el Ministerio Checo de Educación. El programa del centro incluye conferencias, seminarios, giras de Josefov, películas, conciertos, debates y veladas literarias.

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